Richard Stallman soll sich nach Angaben einiger Mitglieder der Free Software Foundation in der MIT CSAIL Mailing List unangemessen über Opfer von sexueller Gewalt geäußert haben. Sie reagierten daraufhin mit einem Blog-Post, in dem sie erklärten, dass die Aussagen von Stallman klar den Werten der FSF widersprächen und forderten den Rücktritt ihres Präsidenten. So hieß es weiter, das die FSF niemanden unterstützen wolle, der nicht den Werten der Stiftung entspräche. Als die Rufe nach einem Rücktritt aus den eigenen Reihen immer lauter wurden, verließ Stallman die FSF Anfang letzter Woche und legte somit nicht nur seine Ämter als Präsident und Vorstandsvorsitzender der FSF nieder, sondern verkündete auch, künftig nicht länger als Gastforscher im Computer Science and Artificial Intelligence Lab (CSAIL) des MIT tätig zu sein.
Seit diesen Vorkommnissen war die Zukunft des GNU-Projekts ungewiss, jedoch sorgte Stallman nun für Klarheit. Er wandte sich in einer E-Mail an die Mitglieder der Mailing List des Projektes und erklärte darin, dass die FSF und das GNU-Projekt nicht dasselbe wären und er somit weiterhin der Projektleiter bleiben wird und er auch in Zukunft nicht beabsichtigt GNU zu verlassen.
Das GNU-Projekt wurde 1983 mit der Intention ein Unix ähnliches Betriebssystem zu entwickeln von Stallman gegründet. Im Jahre 1985 gründete er dann die Free Software Foundation, welche sich für freie Software einsetzt.